Verwendet werden in der Medizin die frischen oder getrockneten Stängel, Blätter, Blüten und die Früchte der Kapuzinerkresse. Meistens wird sie mit anderen Heilpflanzen kombiniert eingesetzt. Besonders wirkungsvoll ist das Kraut bei Atemwegs und Harnwegs -erkrankungen.
Wenn es um die Bekämpfung von Viren, Pilzen und Bakterien geht, ist die Kapuzinerkresse ein echter Krieger. Ihr Wirkstoff Glucosinolate hat bei innerlicher Anwendung aber nicht nur positive Effekte, denn bei der Verwendung des Heilkrautes entsteht im Körper freies Senföl, welches die Schleimhäute reizen kann, z.B. im Magen. Aber bei äußerlicher Anwendung können diese Senföle durch Stimulierung und Reizung auch positive Effekte hervorrufen. Sie sorgen nämlich dafür, dass die Muskulatur durchblutet wird.
Auch wenn es um die Bekämpfung von Keime geht, bietet das Kapuzinerkressenkraut eine Lösung, denn das Kraut kann zwar eine Harnwegsinfektion auslösen, doch kaum einer weiß um seine Fähigkeit, die Vermehrung von Bakterien, Viren und Pilzen stoppen zu können.
Die Kapuzinerkresse hat es faustdick hinter den Ohren. Für viele Insekten sind seine Senföle das reinste Gift. Im Laufe ihrrer Evolution hat die Kapuzinerkresse die Fähigkeit erlangt, diesen Stoff zu produzieren, um nicht von den Insekten gefressen zu werden. Da die Senföle einen starken scharfen Geruch besitzt, der jedoch erst beim Zerkleinern des Krautes frei gesetzt wird, kommt es zu Umwandlungsprozessen. Aus den Vorstufen des wirksamen Inhaltsstoffes wird durch das enthaltene Enzym Myrosinase, dass im Kapuzinerkressenkraut enthalten ist, das stark wirkende Benzylsenföl. Das Benzylsenföl wirkt gegen 13 verschiedene Bakterienarten, die Entzündungen in den Atemwege und auch Harnwegen auslösen können.