Im Folgenden sind die am häufigsten bei Lilien auftretenden Schäden und Krankheiten in alphabetischer Reihenfolge aufgeführt.
Blattläuse – dicht gedrängt sitzen diese kleinen grünen, bräunlichen oder schwarzgefärbten Insekten an Triebspiten und jungen Knospen, um Pflanzensäfte zu saugen. Die darunterliegenden Laubblätter haben oft einen klebrigen Film, hervorgerufen durch Ausscheidungen der Blattläuse, den sogenannten Honigtau, der sich durch darauf sich ansiedelnde Rußpilze allmählich schwarz färbt. Gelegentlich können auch befallene Blätter und Knospen verkrüppeln. Blattlauskolonien lassen sich leicht mechanisch, z. B. Mit einem feuchten Schwämmchen, abstreifen. Oder man schafft optimale Milieubedingungen (z. B. Durch ein Insektenhotel) für Nützlinge , die sich von Blattläusen ernähren – das sind vor allem Marienkäferarten, Florfliegen und Ohrkneifer.
Echter Mehltau – dieser Pilz bildet eine weiße, mehlartige Schicht auf den Blättern, die sich abwischen lässt. Befallene Blätter vergilben und fallen bald darauf ab.
Grauschimmel (Botrytis) – Die Laubblätter haben auf der Oberfläche zunächst braune Flecken, später einen grau-weißen Schimmelbelag. Die Knospen verfaulen und die Blüten verkrüppeln. Abhilfe: Die Lilien nicht zu feucht halten und die Grundregel für alle Lilienarten beachten: „Mit den Füßen im frisch-feuchten Halbschatten, mit dem Kopf in der trockenen Sonne“.
Lilienhähnchen – das sind kleine rote Käfer, bzw. ihre Larven, die von Mai bis Oktober Fraßschäden an den Laubblättern verursachen können. Befallene Blätter sind mit einem kot-artigen Schleim überzogen.
Lilienmosaikkrankheit – eine Viruskrankheit, zu erkennen an den Laubblättern mit hell-gelben Streifen und Flecken, die sich im Laufe der Jahre ausbreiten und vermehren. Dadurch wird der Pflanzenstängel geschwächt, bis er schließlich abbricht. Die Blüten verkrüppeln oder die befallene Lilie entwickelt überhaupt keine Blüten mehr.
Nacktschnecken – Blätter und frische Triebe werden meist über Nacht kahl gefressen; außerdem sind die Schleimspuren der Schnecken in der Umgebung und auf den Pflanzen zu sehen. Vorbeugend sollte man Schneckenkorn rund um die Lilien-Basis ausstreuen.