Manche Samen führen schon im Keim Krankheitserreger mit, andere werden während der Lagerung oder nach der Aussaat im Boden von Auflaufkrankheiten oder Schädlingen befallen. Um sie vor dem Befall mit Pilzen und deren Sporen, Bakterien und Schadinsekten zu schützen, müssen sie mit geeigneten Pflanzenschutzmitteln behandelt werden. Diesen Vorgang nennt man Beizen. Im kommerziellen Gartenbau, in Land- und Forstwirtschaft ist das Beizen von Saatgut praktisch unverzichtbar, da man sonst unter Umständen mit einer Qualitätsminderung der Samen während der Lagerung, über die Keimfähigkeit der Saat bis zum Ernteausfall rechen müsste.
Das Beizen von Saatgut ist jedoch keine Erfindung unserer Zeit – bereits in der Antike versuchte man das Saatgut mit Extrakten aus Zwiebeln, Lauch oder dem Trester der Oliven oder durch Vorbehandlung mit Holzasche zu schützen. Im Mittelalter nutzte man vor allem Arsen und Lösungen von Kupfer zum Beizen – ohne Zweifel hochwirksam, aber auch toxisch für Mensch und Tier. Später kam dann noch das besonders giftige Quecksilber zum Beizen hinzu, welches erst 1982 bei uns verboten wurde. Heute setzt man vor allem speziell zum Beizen entwickelte Fungizide, Pflanzenschutzmittel und Pyrethrum-Derivate als Insektizide zum Schutz des Saatgutes ein. Landwirtschaftlich genutztes Saatgut, welches mit Pflanzenschutzmitteln vorbehandelt wurde, muss nach Artikel 49 Absatz 4 der VO EG 1107/2009 entsprechend gekennzeichnet werden. Seit Juni 2011 muss deshalb auch gebeiztes Saatgut entsprechend den pflanzenschutzrechtlichen Vorschriften gekennzeichnet werden. Eine einheitliche EU-Saatgutverordnung, die unter anderem die Zulassung und Kennzeichnungspflicht von gebeiztem Saatgut EU-weit regeln würde, wurde jedoch erst vor wenigen Jahren vom Europaparlament mit großer Mehrheit abgelehnt.
Auf den Samentütchen, die im Gartenfachhandel angeboten werden, findet man zwar sehr klein gedruckte Hinweise wie Standard Saatgut EG Norm – DE 054 07 oder DE 8016, aber es fehlen Angaben, ob und mit welchen Pflanzenschutzmitteln das Saatgut gebeizt wurde. Es ist zwar unwahrscheinlich, dass die zum Beizen verwendeten Pestizide mit dem Keimen und Aufwachsen der Pflanzen bis in die Ernte der Früchte nachweisbar bleiben, aber biologisch arbeitende Landwirtschaftsbetriebe und Gärtnereien verzichten auf chemisch gebeiztes Saatgut völlig. Egal wie man zu den Methoden der Biologisch-Dynamischen Landwirtschaft steht, dort wurden speziell aufbereitete Pflanzenpräparate entwickelt z. B. auf der Basis von Kamille, mit denen sich das Saatgut beizen lässt.
Auch der Hobbygärtner, der die Samen einiger Gartenpflanzen regelmäßig erntet und wieder aussäen möchte, kann von diesem Wissen profitieren. So lässt sich eine biologische Beize ganz einfach aus Kamillentee selbst herstellen. Dazu gießt man etwa einen Teelöffel Kamillenblüten mit einem Liter handwarmem Wasser auf und lässt man den Kamillentee einen Tag lang ziehen. Dann streut man in eine flache Schale die Samen und übergießt mit dem Kamillentee. Wie lange das Saatgut n diesem Bad bleiben müssen, dass hängt vor allem von der Pflanzenart ab: Erbsen sollten bis zu 2 Stunden in der Beize bleiben, Radieschen und Rettich nur eine halbe Stunde, Bohnen nur eine Viertelstunde, andere Gemüsesamen etwa 1 Stunde. Danach wird das Kamillenbad mit den Samen durch ein feines Sieb gegossen und das Saatgut auf einem saugfähigen Papier zum vollständigen Trocknen ausgebreitet. Nachteil dieser Methode: Die Samen sind nach dieser Beize nur noch kurze Zeit keimfähig; daher sollet man Aussaaterde und Beet, bzw. Anzuchtgefäße bereits vorbereitet haben und direkt nach dem Beizen und Trocken mit der Aussaat beginnen.